Το τμήμα hand ball του Πανιώνιου Γ.Σ.Σ. δημιουργήθηκε το 1979 από μια ομάδα μαθητών γυμνασίου, που την προηγούμενη χρονιά είχαν λάβει μέρος στους σχολικούς αγώνες. Πρώτος προπονητής της ομάδος ήταν ο Στέφανος Συμεωνιδης,παλιός πρωταθλητής του δεκάθλου. Η μεγαλύτερη διάκριση είναι η κατάκτηση του Πανελλήνιου πρωταθλήματος έφηβων το 1982 όταν στον τελικό της διοργάνωσης κέρδισε τον Ιωνικό Ν.Φ. με σκορ 23-19. Την ομάδα αποτελούσαν οι Ανδρονικίδης, Λυκιαρδόπουλος, Κοντεκάκης, Κατσαράς, Κουρής, Βέλλος, Λιλιός, Παπανικολάου, Κολοκούτσας, Λανταβός, Κατριβές και Τραιοκόγλου. Καλύτερη κατάταξη στην Α1 κατηγόρια είναι η 5η θέση που κατέλαβε το 1995. Παίκτες που αγωνίστηκαν στην Εθνική ομάδα είναι οι Δημητράκουλας Στελ. Μεσσήνης, Μόρφας, Λανταβός, Τραικόγλου.
1980-81: Δημιουργία τμήματος 1981-82: Πανελλήνιο πρωτάθλημα εφήβων. Άνοδος ανδρικού τμήματος στη Β Εθνικη κατηγορία 1982-83: Άνοδος στην Α Εθνικη κατηγορία 1983-84: 6η θέση στην Α Εθνικη κατηγορία 1984-85: Α Εθνικη κατηγορία 1985-86: Υποβιβασμός στην Β Εθνικη κατηγορία 1986-87: Β Εθνική κατηγορία 1987-88: Β Εθνική κατηγορία 1989-90: Άνοδος στην Α2 κατηγορία (Αναδιοργάνωση κατηγοριών) 1990-91: Άνοδος στην Α1 1991-92: Υποβιβασμός στην Α2 1992-93: Α2 1993-94: Άνοδος στην Α1 1994-95: Υποβιβασμός στην Α2 1995-96: Άνοδος στην Α1 1996-97: Α1 1997-98: Α1 1998-99: Α2 1999-00: Β Εθνική 2000-01: Β Εθνική 2001-02: Β Εθνική 2002-03: Β Εθνική 2003-04: Β Εθνική 2004-05: Β Εθνική 2005-06: A2 2006-07: A2 2007-08: Β Εθνική 2008-09: Β Εθνική 2009-10: Β Εθνική 2010-11: Β Εθνική (Αναδιοργάνωση κατηγοριών) 2011-12: A2 (Αναδιοργάνωση κατηγοριών) 2012-13: Β Εθνική (Αναδιοργάνωση κατηγοριών) 2013-14: Β Εθνική (2η θέση – Αγώνες μπαράζ) 2014-15: Άνοδος στην Α2 κατηγορία (Αναστολή συμμετοχής τμήματος) 2015-16: Β Εθνική
Sportshunter για Γ.Σ.Σ. Πανιώνιος
Στίβος
Μπάσκετ
Ποδοσφαιρο - Ακαδημίες Ποδοσφαίρου
Πόλο
Κολύμβηση
Ενόργανη γυμναστική
Ακαδημίες Βόλεϊ
Ping Pong
Judo
Handball