Το τμήμα hand ball του Πανιώνιου Γ.Σ.Σ. δημιουργήθηκε το 1979 από μια ομάδα μαθητών γυμνασίου, που την προηγούμενη χρονιά είχαν λάβει μέρος στους σχολικούς αγώνες. Πρώτος προπονητής της ομάδος ήταν ο Στέφανος Συμεωνιδης,παλιός πρωταθλητής του δεκάθλου. Η μεγαλύτερη διάκριση είναι η κατάκτηση του Πανελλήνιου πρωταθλήματος έφηβων το 1982 όταν στον τελικό της διοργάνωσης κέρδισε τον Ιωνικό Ν.Φ. με σκορ 23-19. Την ομάδα αποτελούσαν οι Ανδρονικίδης, Λυκιαρδόπουλος, Κοντεκάκης, Κατσαράς, Κουρής, Βέλλος, Λιλιός, Παπανικολάου, Κολοκούτσας, Λανταβός, Κατριβές και Τραιοκόγλου. Καλύτερη κατάταξη στην Α1 κατηγόρια είναι η 5η θέση που κατέλαβε το 1995. Παίκτες που αγωνίστηκαν στην Εθνική ομάδα είναι οι Δημητράκουλας Στελ. Μεσσήνης, Μόρφας, Λανταβός, Τραικόγλου.

1980-81: Δημιουργία τμήματος
1981-82: Πανελλήνιο πρωτάθλημα εφήβων. Άνοδος ανδρικού τμήματος στη Β Εθνικη κατηγορία
1982-83: Άνοδος στην Α Εθνικη κατηγορία
1983-84: 6η θέση στην Α Εθνικη κατηγορία
1984-85: Α Εθνικη κατηγορία
1985-86: Υποβιβασμός στην Β Εθνικη κατηγορία
1986-87: Β Εθνική κατηγορία
1987-88: Β Εθνική κατηγορία
1989-90: Άνοδος στην Α2 κατηγορία (Αναδιοργάνωση κατηγοριών)
1990-91: Άνοδος στην Α1
1991-92: Υποβιβασμός στην Α2
1992-93: Α2
1993-94: Άνοδος στην Α1
1994-95: Υποβιβασμός στην Α2
1995-96: Άνοδος στην Α1
1996-97: Α1
1997-98: Α1
1998-99: Α2
1999-00: Β Εθνική
2000-01: Β Εθνική
2001-02: Β Εθνική
2002-03: Β Εθνική
2003-04: Β Εθνική
2004-05: Β Εθνική
2005-06: A2
2006-07: A2
2007-08: Β Εθνική
2008-09: Β Εθνική
2009-10: Β Εθνική
2010-11: Β Εθνική (Αναδιοργάνωση κατηγοριών)
2011-12: A2 (Αναδιοργάνωση κατηγοριών)
2012-13: Β Εθνική (Αναδιοργάνωση κατηγοριών)
2013-14: Β Εθνική (2η θέση – Αγώνες μπαράζ)
2014-15: Άνοδος στην Α2 κατηγορία (Αναστολή συμμετοχής τμήματος)
2015-16: Β Εθνική